Địa bàn xã Lĩnh Toại hiện nay trước đây vốn là hai xã Hà Toại và Hà Phú.

Trước khi sáp nhập, xã Hà Toại có diện tích 2,93 km², dân số là 1.560 người, mật độ dân số đạt 532 người/km². Xã Hà Phú có diện tích 3,09 km², dân số là 2.685 người, mật độ dân số đạt 869 người/km².

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Hà Phú và xã Hà Toại thành xã Lĩnh Toại.[1]